Nguyễn Phúc Ánh rút quân từ Quy Nhơn về Diên Khánh mùa thu năm Quý Sửu (1793). Nhận thấy địa thế Diên Khánh hiểm trở, Nguyễn Phúc Ánh cho xây thành đào hào ở phủ lỵ để làm Tổng hành dinh và cất trại lập xưởng ở dãy núi gần Trường Cá gần cửa bể Nha Trang để đóng tàu bè và giữ mặt bể.Thành nằm trên địa phận hai thôn Phú Mỹ và Trường Thạnh. Chung quanh đắp đất, chu vi 366 trượng 4 thước, cao 8 thước 5 tấc. Trổ 6 cửa ra vào, xây gạch kiên cố, trên có vọng lâu tứ diện thông phong. Trên thành có đặt súng đại bác ở bốn mặt.Trên dãy núi có trại xưởng ở Nha Trang cũng đặt súng đại bác và có thủy quân đóng. Do đó núi mang tên là núi Xưởng hay núi Trại Thủy[86].Công việc phòng thủ lo xong, Nguyễn Phúc Ánh giao Diên Khánh cho Nguyễn Văn Thành trấn, còn mình thì kéo tướng sĩ về Gia Ðịnh. Sau đó cho Hoàng tử Cảnh và Giám mục Bá Ða Lộc ra tăng cường.Năm Giáp Dần (1794), Vua Cảnh Thịnh sai Lê Văn Hưng vào đánh Phú Yên và Trần Quang Diệu vào đánh Diên Khánh.Lê Văn Hưng kéo quân đến Cù Mông thì gặp Nguyễn Quang Huy.Nguyễn Quang Huy sau khi bại binh ở Bình Thuận, không dám về Quy Nhơn, về quê hương ở Phú Yên, chiếm cứ một nơi hiểm yếu trong dãy Cù Mông đợi dịp lập công chuộc tội. Khi nghe binh Lê Văn Hưng kéo đánh Phú Yên thì liền đem quân ra hưởng ứng. Lê Văn Hưng vốn đã quen biết Nguyễn Quang Huy từ trước, nên vui mừng hợp tác với nhau.Phú Yên được chiếm đóng dễ dàng, Lê Văn Hưng để Nguyễn Quang Huy ở lại trấn thủ, kéo binh về Phú Xuân.Còn Trần Quang Diệu vào Diên Khánh, quân trong thành không dám ra đánh, đóng chặt cửa thành cố thủ. Thành kiên cố, Trần Quang Diệu không hạ nổi đành bao vây chờ quân trong thành cạn lương thực.Nguyễn Văn Thành cho người lẻn về Gia Ðịnh cáo cấp. Nguyễn Phúc Ánh bèn đem đại binh giải vây. Trần Quang Diệu rút quân về.Nguyễn Phúc Ánh thấy quân Tây Sơn còn mạnh và lại đương mùa gió bấc, tiến binh không thuận tiện, đem Hoàng tử Cảnh và Giám mục Bá Ða Lộc về Gia Ðịnh, để Võ Tánh ở lại trấn thủ Diên Khánh thay Nguyễn Văn Thành.Tháng giêng năm Ất Mão (1795), Trần Quang Diệu lại đem thủy binh và bộ binh vào đánh Diên Khánh. Võ Tánh giao chiến vài bận, liệu không đánh lại, đóng chặt cửa thành cố thủ, đợi Gia Ðịnh cấp viện binh. Ðến tháng 2, Nguyễn Phúc Ánh đem thủy sư ra cứu Diên Khánh.Thủy quân Nguyễn Phúc Ánh không lên được Diên Khánh vì bị thủy binh Trần Quang Diệu chận đánh ở Trường Cá Phương Sài, phải đóng ngoài biển Nha Trang và các nơi hiểm yếu trên đất. Ngày ngày hai bên đều có đánh nhau. Người trong xứ không làm ăn được yên ổn.Thành Diên Khánh vẫn bị vây chặt. Ðoàn quân nào kéo ra cũng đều bị quân Tây Sơn tiêu diệt hoặc đánh lui, thủy quân nhà Nguyễn cũng không làm sao qua lại Trường Cá. Ưu thế nằm hẳn trong tay Trần Quang Diệu.Chợt Trần Quang Diệu được tin Phú Xuân có biến!Ở Phú Xuân, Bùi Ðắc Tuyên mỗi ngày mỗi thêm lộng quyền. Những người trước kia theo Tuyên như Ngô Văn Sở, Lê Văn Hưng... cũng không chịu nổi hành vi gian ác của Tuyên, nhiều khi tỏ thái độ bất bình. Tuyên muốn trừ khử nhưng chưa có dịp. Nhân Lê Văn Hưng, sau khi thắng trận ở Phú Yên, giao thành cho Nguyễn Quang Huy giữ, đem quân về Phú Xuân. Tuyên bắt tội là không thỉnh mệnh trước, tỏ ý muốn làm phản, tâu Vua chém đầu răn chúng. Vua Cảnh Thịnh nghe lời. Ngô Văn Sở can, nhưng không được. Quan Phụ Chánh Trần Văn Kỷ can thiệp, Tuyên nổi giận giáng chức, đày ra coi trạm Hoàng Giang. Sau đó Tuyên lại sai Ngô Văn Sở ra Bắc Hà thay cho Võ Văn Dũng và gọi Dũng về Phú Xuân. Dũng về đến Hoàng Giang[87] thì gặp Trần Văn Kỷ. Kỷ nói:- Thái sư ngôi trùm cả nhân thần, cho ai sống được sống, bắt ai chết phải chết, nếu không sớm trừ đi, e bất lợi cho xã tắc. Ông nên lo liệu trước đi kẻo nữa ăn năn không kịp.Võ Văn Dũng vốn tin trọng Văn Kỷ, liền nghe theo. Về Phú Xuân không vào triều, lén cho mời Phạm Công Hưng và Nguyễn Văn Huấn đến bàn mưu giết Bùi Ðắc Tuyên. Nhận thấy rõ lòng tàn nhẫn và tính phản phúc của Tuyên, Hưng và Huấn cùng lo ngại đến thân phận của mình, bèn hưởng ứng ngay lời Dũng. Ðêm đến kéo quân vây dinh Thái Sư. Chẳng ngờ đêm ấy Tuyên có việc ngủ trong cung. Bọn Dũng vây luôn cả cung và đòi Cảnh Thịnh giao Tuyên. Không dừng được, nhà vua phải bắt Tuyên đem giao, Dũng hạ ngục Tuyên rồi một mặt cho Nguyễn Văn Huấn vào Quy Nhơn bắt con Tuyên là Bùi Ðắc Trụ, một mặt giả chiếu ra Bắc Hà bắt Ngô Văn Sở,Giải về Phú Xuân. Dũng phao cho Tuyên, Sở, Trụ mưu phản, đóng cũi nhốt đem dìm xuống sông Hương! Vua Cảnh Thịnh biết là oan, nhưng không sao ngăn cản được, đành gạt nước mắt khóc thầm!Trần Quang Diệu nghe tin, thất kinh, nói cùng các tướng:- Chúa thượng là người thiếu cương quyết để cho đại thần giết lẫn nhau. Nếu trong không yên thì đánh ngoài thế nào được.Bèn ra lệnh rút quân về. Ði đường núi đã lâu lại không tiện, Trần Quang Diệu phải mở đường biển theo gió nam mà đi cho nhanh. Nguyễn Phúc Ánh không dám cản đường.Trần Quang Diệu đến Phú Xuân, đóng quân tại An Cựu bên bờ phía nam sông Hương.Võ Văn Dũng cùng Nội hầu Nguyễn Thế Tứ cũng đem quân bản bộ đóng ở phía bắc sông Hương, ỷ mệnh Vua cự nhau với Trần Quang Diệu.Võ Ðình Tú lấy tình quen thân cả đôi bên, xin Vua Cảnh Thịnh cho phép đứng ra hòa giải. Nhờ vậy mà Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng nối lại tình xưa, đem binh vào thành, bệ kiến Vua Cảnh Thịnh.Vua Cảnh Thịnh phong cho: Trần Quang Diệu làm Thái Phó, Nguyễn Văn Huấn làm Thái Bảo, Võ Văn Dũng làm Ðại Tư Ðồ, Nguyễn Văn Danh làm Ðại Tư Mã, gọi là Tứ Trụ đại thần, chung nắm quyền về dân sự và quân sự. Nhưng rồi có người dèm cùng Cảnh Thịnh rằng Diệu nắm uy quyền trọng quá, e có ý khác. Cảnh Thịnh bèn thu hết binh quyền, chỉ để Diệu giữ hư vị trong triều mà thôi. Diệu sinh nghi kỵ, thường cáo bệnh không đi chầu, và ngày đêm cắt kẻ thủ hạ 200 người mang vũ khí bên mình để phòng vệ.Cảnh Thịnh lại sợ Võ Ðình Tú, Trần Quang Diệu và Võ Văn Dũng là bạn cố giao, ở gần nhau bất lợi cho mình, bèn phong cho Tú chức Binh Bộ Tham tri vào coi quân ở Quy Nhơn và Phú Yên.Kế đó Phạm Công Hưng bị bệnh mất. Nguyễn Thế tử bị thất sủng lén đem gia quyến đi khỏi Phú Xuân.Nguyễn Văn Huấn đương trấn thủ Quy Nhơn bị Cảnh Thịnh triệu về kinh. Tư Ðồ Nghĩa được cử vào thay Huấn làm trấn thủ và Lại bộ Thị Lang Kính làm Hiệp Trấn giúp Nghĩa.Huấn về đến Phú Xuân, Thượng thư Hồ Công Diệu tâu cùng Cảnh Thịnh rằng Huấn ở Quy Nhơn mưu kết thông cùng giặc, bị gọi về kinh tỏ ý bất bình. Cảnh Thịnh nghe lời, đợi lúc Huấn vào chầu ra lệnh bắt giết.Nguyễn Văn Bảo nổi dậy đánh thành Quy Nhơn, nhưng quân lực quá yếu, nên liền bị đánh tan. Bảo bị bắt nhận chìm xuống sông đến chết.Nghe tin dữ, bà họ Trần ở Kiên Mỹ liền đem hai con là Văn Ðức, Văn Lương và cháu nội con Nguyễn Bảo là Văn Ðẩu, chạy lên An Khê nương tựa cùng Cô Hầu ở Mộ Ðiểu. Tướng Cảnh Thịnh biết rõ, nhưng sợ tên thuốc của người Thượng nên không dám đuổi theo.Viên Thái Phó Lê Văn Ứng tâu cùng Cảnh Thịnh rằng nội biến của Tiểu Triều là do Lê Trung là người Quy Nhơn, trước có phò Vua Thái Ðức, Cảnh Thịnh tin lời, triệu Lê Trung vào triều, thét đao phủ quân bắt giết.Con của Lê Trung là Lê Chất đương làm thủy quân Ðô Ðốc trấn giữ cửa Thị Nại, nghe tin nổi giận, chạy vào Gia Ðịnh quy hàng Nguyễn Phúc Ánh. Quyết trả thù, Lê Chất nói cho Nguyễn Phúc Ánh biết hết tất cả những cơ quan bí mật và những yếu điểm ở Thị Nại[88].Dưới triều Thái Ðức, Quang Trung, Vua tôi tin cậy nhau, bạn bằng yêu kính nhau. Từ trên xuống dưới, từ trong đến ngoài, đều lấy nghĩa mà đối đãi nhau. Quan văn cũng như tướng võ, ai nấy đều lo tròn nghĩa vụ, quyền không ham, lợi không ham. Nhờ vậy mà nước được mạnh, dân được yên. Sang triều Cảnh Thịnh, Vua tôi nghi kỵ nhau, đình thần hãm hại nhau. Ai nấy đều lo quyền lợi riêng của mình, không nghĩ đến quyền lợi chung của dân của nước. Khiến thế nước càng ngày càng đảo khuynh, lòng người càng ngày càng ly tán. Do đó mà Nguyễn Phúc Ánh không tốn bao nhiêu công phu mà lập nên sự nghiệp lớn trong một thời gian ngắn.-----------[86] Dãy núi nằm ở địa đầu thành phố Nha Trang, hiện có chùa Hải Ðức và Kim thân Phật Tổ.[87] Có sách gọi lá Hán Xuyên, hoặc Mỹ Xuyên.[88] Có sách chép Lê Chất là rể Lê Trung.