Vua Thái Ðức về già không có ý chí chiến đấu, những văn quan võ tướng có tài số qua đời, số về vườn, số theo Vua Quang Trung, số còn lại tuổi cũng đã cao, tài cũng đã tận. Lớp người mới không có người đủ tài kinh bang tế thế. Vì vậy thế nước vừa nổi lên cao lần lần xuống thấp, để rồi tàn.Ðông Ðịnh Vương chỉ là một người có đức độ, không có tài trị nước yên dân. Những nhân tài ở Quy Nhơn vào phò tá chết lần, về hưu gần hết... Mà Gia Ðịnh lại đất rộng dân thưa, Vương không thể nào nắm vững được vây cánh. Nhà Nguyễn nhân đó chiếm đóng nhiều nơi hiểm yếu và thỉnh thoảng kéo binh đánh phá quân Tây Sơn. Trong xứ mất an ninh, lòng người ly tán. Nguyễn Phúc Ánh ở Xiêm La dò biết được tình hình, tháng 7 năm Ðinh Mùi (1787) đem cung quyến xuống thuyền về nước.Nguyễn Phúc Ánh được vây cánh cũ kéo quân ra giúp. Quân thế khá vững. Tướng Tây Sơn là Phạm Văn Tham chống không lại, bỏ thành Sài Côn sang đóng ở Ba Thắc. Ðông Ðịnh Vương chạy về Quy Nhơn chịu tội cùng anh, rồi trở lên Kiên Mỹ thăm cố hương. Từ ấy biệt tích.Nguyễn Phúc Ánh chiếm được Sài Côn tháng 8 năm Mậu Thân (1788).Phạm Văn Tham cầm cự cùng quân Nguyễn Phúc Ánh cho đến mùa xuân năm Kỷ Dậu (1789). Ðã đuối sức mà không thấy binh Quy Nhơn vào cứu. Phạm đem binh xuống thuyền, định ra bể về Quy Nhơn. Nhưng bị quân Nguyễn Phúc Ánh chận lại, phải trở lui Ba Thắc. Lâu ngày hết cả lương thực, Phạm đầu hàng và bị giết.Từ ấy Gia Ðịnh thuộc về Nguyễn Phúc Ánh.Làm chủ đất Gia Ðịnh rồi, Nguyễn Phúc Ánh một mặt lo sửa sang việc nước, một mặt nhờ Giám mục Bá Ða Lộc (Evêque dAdran) đem Hoàng tử Cảnh sang Pháp xin cầu viện để đánh Tây Sơn. Ðược quân Pháp do Giám mục Bá Ða Lộc và Hoàng tử Cảnh rước về với hai chiếc tàu đồng do Chaigneau tục gọi là Nguyễn Văn Thắng, chỉ huy, và tàu Phụng do Vannier, tục gọi là Nguyễn Văn Chấn, điều khiển cùng một số tướng tá như Dayot (Dat-do), Olliver (Ô-ly-vi-ê), De Forcant (Ðờ Phot-xăng)... phò tá, quân lực của Nguyễn Phúc Ánh mỗi ngày mỗi thêm sung thiệm hùng cường.Sau một năm chuẩn bị, tháng tư năm Canh Tuất (1790) Nguyễn Phúc Ánh sai Võ Tánh, Nguyễn Văn Thành, Lê Văn Câu... đem thủy lục quân ra đánh Tây Sơn ở Bình Thuận. Binh Nguyễn Ánh bị quân Tây Sơn chống cự kịch liệt, không tiến quân nổi, sau ba tháng giao tranh, phải rút về Gia Ðịnh.Nguyễn Phúc Ánh nhận thấy mỗi năm bắt đầu từ tháng 3 có gió mùa thổi từ Nam ra Bắc, nên quyết định lợi dụng chiều gió để tấn công Quy Nhơn. Cho nên người đương thời gọi những trận Nguyễn Phúc Ánh kéo quân đánh Tây Sơn là giặc mùa.Năm Nhâm Tý (1792 gió Nam vửa bắt đầu thổi, Nguyễn Phúc Ánh liền sai Nguyễn Văn Trương, Nguyễn Văn Thành cùng hai người Pháp là Nguyễn Văn Phấn (Dayot), Nguyễn Văn Chấn (Vannier) đem chiến thuyền ra đánh Quy Nhơn. Quân nhà Nguyễn kéo vào cửa biển Thị Nại.Cửa biển Thị Nại tức là cửa biển Quy Nhơn. Phía đông có dãy núi Phương Mai, phía tây có dãy núi Nhạn Châu tục gọi là Gành Ráng, làm cánh che. Từ thời Chiêm Thành đến đời Tây Sơn, cửa Thị Nại luôn luôn có quân phòng ngự. Vua Thái Ðức lại cho xây pháo đài ở hai dãy núi, và đặt đại bác ở trên núi bắn xuống mỗi khi bị giặc tấn công.Nhưng lúc bấy giờ gió nam thổi mạnh, Binh Nguyễn dùng hỏa công đốt phá thủy trại Tây Sơn. Bị đánh thình lình lại có sức gió lửa quá mạnh, binh Tây Sơn không chống nổi phải bỏ Thị Nại chạy về Quy Nhơn. Quân Nguyễn đổ bộ, nhưng liền bị quân Tây Sơn từ Quy Nhơn kéo xuống đánh, phải rút lui.Ở Phú Xuân, Vua Quang Trung (lúc bấy giờ còn sống) được tin quân Nguyễn kéo đánh Quy Nhơn, nổi giận liền chuẩn bị đại binh vào tận diệt nhà Nguyễn. Trần Quang Diệu đi đường Lào xuống đông Miên có tướng Miên O Nha Long hưởng ứng, còn nhà vua thì đem thủy binh vào cửa Cần Giờ. Trên đánh xuống, dưới đánh lên, mặt núi mặt biển đều bị bao vây. Nguyễn Phúc Ánh không còn lối thoát. Một mặt Vua Quang Trung tin cho Vua Thái Ðức biết dự định của mình để hai bên cùng tiến vào bao vây tiêu diệt toàn bộ lực lượng Nguyễn Phúc Ánh, một mặt gởi cho nhân dân Quảng Nam, Quảng Nghĩa, Quy Nhơn bài hịch kêu gọi mọi người hăng hái tham gia cuộc tấn công sắp tới.Bài hịch đại khái nói rằng:Quân Tây Sơn đã lập được không biết bao nhiêu chiến công oanh liệt. Diệt quân Xiêm La, thắng quân Mãn Thanh. Bao phen đánh quân nhà Nguyễn không còn mảnh giáp phải chạy ra cầu viện nước ngoài. Nay Nguyễn Phúc Ánh rước quân Pháp về phá rối nước nhà, vâng mệnh đức Hoàng Huynh, ta chuẩn bị một đạo thủy bộ hùng binh, sẽ thân hành kéo vào Nam diệt giặc. Giặc nhà Nguyễn chỉ là bè củi mục. Quân Tây Sơn sẽ thu hồi đất Gia Ðịnh trong nháy mắt.Lại khuyên nhân dân không nên sợ bọn người Tây Dương. Chúng chỉ là nhứng xác chết. Những chiếc tàu đồng, những khinh khí cầu của chúng không có gì đáng sợ...Tin Vua Quang Trung sẽ tấn công vào Gia Ðịnh làm cho nhân dân miền Nam phấn khởi, làm cho Vua tôi nhà Nguyễn và bọn Pháp vô cùng lo sợ. Nhưng cuộc hành binh không thực hiện được, vì đương mùa gió nam, thuyền đi vào bất lợi, nhất là tại khúc đường đi ngang qua bán đảo Triều Châu tại Quy Nhơn. Nơi đây tại Eo Vược gió thổi mạnh gấp ba gấp bốn gió ngoài khơi, gọi là nam lò. Ghe thuyền gặp lúc nam lò thổi thì khó tránh khỏi tai nạn. Cho nên khách hàng hải có câu:Cha chết không loHỏi thăm nam lò thổi dịu hay săngGiáo sĩ Le Labouse gởi thư cho bạn, có đoạn rằng:Tháng 2 năm 1792, chúng tôi phải rời bỏ con chiên để tránh quân địch Tây Sơn. Họ sẽ kéo đến vài chục ngàn người, do đường Lào tiến vào Cao Miên. Người Cao Miên cũng dự tính theo họ nữa. Nguyễn Huệ sẽ đem hải quân ngăn chặn các cửa biển Nam Kỳ. Nếu dự định này được thi hành thì nhà vua và chúng tôi chỉ còn chờ chết. Nhưng nhờ ơn trên, dự định này không thấy thi hành. Chắc quân Tây Sơn e ngại các chiến hạm của người Âu Châu đóng đầy sông Sài Gòn do việc buôn bán....Vua Quang Trung đợi sang thu, gió đông bắc thổi sẽ xuất chinh nhưng rủi bị cảm rồi băng. Vua Quang Trung băng, các nhà truyền giáo Kitô mừng. Nguyễn Phúc Ánh càng mừng.Tháng 3 năm Quý Sửu. Nguyễn Phúc Ánh để Hoàng tử Cảnh ở lại giữ Gia Ðịnh với Giám mục Bá Ða Lộc, sai Tôn Thất Hội cùng Nguyễn Văn Thành và Nguyễn Huỳnh Ðức đem bộ binh ra đánh Bình Thuận, còn mình cùng Võ Tánh và Nguyễn Văn Trương đem thủy binh đi đánh mặt bể.Binh của Tôn Thất Hội đến Bình Thuận bị binh của Nguyễn Quang Huy chận đánh, không tiến nổi.Thủy binh của Nguyễn Phúc Ánh vào cửa bể Nha Trang, đi ngược dòng sông Cù, kéo lên đánh Diên Khánh. Quân Tây Sơn chận đánh tại bến Trường Cá làng Phương Sài. Hai bên kịch chiến. Thuyền chìm người chết đầy cả khúc sông. Cuối cùng quân Tây Sơn không chịu nổi sức súng của Pháp phải tan rã. Nguyễn Phúc Ánh kéo lên Diên Khánh. Quân Tây Sơn bỏ thành về Quy Nhơn.Thừa thắng Nguyễn Phúc Ánh đánh thẳng ra Phú Yên. Thành Phú Yên cũng bị thất thủ sau mấy ngày chiến đấu anh dũng.Diên Khánh bị thất thủ, quân Bình Thuận mất hậu thuẫn, Nguyễn Quang Huy bị quân Tôn Thất Hội đánh thua, kéo quân chạy về Quy Nhơn chận quân Nguyễn.Tôn Thất Hội chiếm được Bình Thuận thì liền được thư của Nguyễn Phúc Ánh bảo tiến binh ra hội với Thủy Sư ở Phú Yên để hai mặt cùng ra đánh Quy Nhơn.Thủy binh Nguyễn Phúc Ánh vào cửa Thị Nại. Vua Thái Ðức sai Thái tử Nguyễn Bảo đem binh chống cự. Nguyễn Phúc Ánh mật sai Võ Tánh đem binh lẻn đi hội với toán quân Tôn Thất Hội. Nguyễn Văn Thành đánh tập hậu. Nguyễn Bảo bị đánh hai mặt, không chống nổi phải rút quân về thành Quy Nhơn. Quân Nguyễn Phúc Ánh kéo lên đánh thành Quy Nhơn.Liệu thế không chống cự nổi, Vua Thái Ðức sai sứ ra Phú Xuân cầu viện.Vua Cảnh Thịnh sai Thái Úy Phạm Công Hưng, Hộ Giá Nguyễn Văn Huấn, Ðại Tư Lộ Lê Trung và Ðại Tư Mã Ngô Văn Sở đem 17.000 bộ binh và 80 thớt voi đi đường bộ, lại sai Ðại Thống lĩnh Ðặng Văn Chân đem 30 chiến thuyền đi đường bể, cả hai đạo vào cứu Quy Nhơn.Nguyễn Phúc Ánh nhận thấy viện binh hùng hậu, không thể chống nổi, liền rút đại binh về Diên Khánh.Quân nhà Nguyễn rút ra khỏi Quy Nhơn, Vua Thái Ðức mở cổng thành đón binh Phú Xuân. Phạm Công Hưng vào thành truyền giải giáp quân Thái Ðức và sai quân chiếm giữ các kho tàng, Ngô Văn Sở can không được.Vua Thái Ðức uất ức thổ huyết mà chết. Vua Thái Ðức ở ngôi được 16 năm (1778-1793) thọ 52 tuổi. Ngự cốt được đưa về an táng trong vùng núi Tây Sơn.Vua Cảnh Thịnh phong cho Thái tử Nguyễn Bảo là Hiến Công, cho ăn lộc một huyện, gọi là Tiểu Triều, dinh đóng tại lỵ sở Tuy Viễn, bà chánh cung họ Trần đem hai người con nhỏ là Văn Ðức và Văn Lương về sống nơi quê hương Kiên Mỹ để được gần gũi lăng Vua, cho tiện việc hương khói.Các đại thần của Vua Thái Ðức, nhờ Ngô Văn Sở can thiệp, khỏi bị hại. Phần nhiều lấy cớ tuổi già sức yếu xin về sống cùng vườn ruộng, một số ở lại làm việc, vì bảo rằng Vua Thái Ðức hay Vua Cảnh Thịnh cũng đều là người của đất Tây Sơn.Vua Cảnh Thịnh để Lê Trung và Nguyễn Văn Huấn ở lại trấn thủ Quy Nhơn. còn Phạm Văn Hưng, Ngô Văn Sở, Ðặng Văn Chân cùng các tướng phò Vua Thái Ðức đều rút về Phú Xuân. Sau đó những quan văn quán Quy Nhơn cũng bị đưa đi phục vụ ở các nơi khác và đưa những người ở nơi khác, nhất là người Phú Xuân vào giữ những chức vụ quan trọng ở phủ huyện Quy Nhơn.