Không phải đợi đến thế kỷ 19 mới có Nguyên tử, mà Nguyên tử đã có từ thời quá xa trong quá khứ. Trong kinh Hoa Nghiêm, Phật gọi Nguyên tử là hạt Vi trần (Hạt bụi nhỏ). Sau đây là nhũng bài tóm lược những thuyết về Nguyên tử của Ðạo Bà La Môn (Ấn Ðộ Giáo), Kỳ Na Giáo và Phật Giáo:Ðạo Bà La Môn, kinh Nyaỳa Vărtika, trang 223, có ghi: ‘Nguyên tử không thể thấy vì nó không được cấu tạo bằng vật thể’.Theo Kỳ Na Giáo,: “Mọi vật trong vũ trụ đều được cấu tạo - trừ linh hồn và không gian - bằng vật thể (pulgala), mà vật thể đó là Nguyên tử ((paramanu). Mỗi nguyên tử chiếm khoảng thời gian (pradena). Vật đó có thể lớn (Sthula) hay nhỏ (Suksma). Dưới trạng thái nhỏ, có vô số hạt nhân kết thành và chiếm diện tích của không gian. Nguyên tử là thường tồn và được xem như bản thể. Mỗi nguyên tử có mùi vị riêng, màu sắc riêng, và có hai xúc giác. Nhưng tính chất này không thường còn, có thể thay đổi. Hai hay nhiều hạt nhân kết lại có thể thay đổi cường độ thô nhám hay nhẵn thín, và có thể tạo thành các căn (skandha). Tóm lại. nguyên tử có thể tạo thành sự di động của chính nó và sự di động này lắm lúc quá nhanh, trong tích tasc khắp cả tam thiên đại thế giới.’Phật giáo chủ trương nguyên tử thường còn hay không thường còn. Phật giáo chỉ đề cập đến nhân và duyên. Có nhân có duyên, nguyên tử có thể tạo nên bất cứ hình thể nào đó, mắt chúng ta có thể thấy được, và đôi khi cực tinh vi với con mắt thường, không thể thấy được. Nhưng với cặp mắt giác ngộ của các vị tu chứng ở trên núi Hy Mã Lạp hay dọc theo rặng Hindukush, miền Bắc Ấn Ðộ, các thánh nhân thấy rằng ‘một hạt nhân nguyên tử quá nhỏ, mắt thường không thể thấy được, được gọi là paramanu. 36 paramanu được gọi là 1 anu, 36 anus được gọi là 1 tajjàri, 36 tajjàri được gọi là ratherenu. Như thế 1 paramanu là 1 phần 46,656 ratherenu. Với nhãn thông, Ðức Phật thấy paramanu là ‘vi thể năng động’ theo nhân duyên, nguyên tử là cội nguyên cấu tạo ra sơn hà vũ trụ vậy’.Trang 467 nói rằng, “Người ta chưa ai thấy được Nguyên tử, cho dầu với một kính hiển vi cực kỳ lớn. Song người ta vẫn tìm ra nguyên tử, chẳng hạn như người ta có thể chụp được dấu xê dịch của những nguyên tử với một máy chụp hình tinh xảo có thể so sánh như là một hơi khói lạt phảng phất sau một luồng gió cuốn."Xin quí vị so sánh câu trên với việc mô tả Nguyên tố (Element) 110 do Trung tâm Sưu Tầm Nguyên tử ở miền Nam Ðức Quốc khám phá như sau:"Mỗi lần xuất hiện trong một phần ngàn giây đồng hồ, Nguyên tố 110 lại tan biến đi. Tuy nhiên, các khoa học gia tin rằng Nguyên tố 110 hiện diện bởi vì nó đã phóng ra một nhân Helium trước khi tan biến."Tuy rằng cách nhau trên 25 thế kỷ, việc mô tả sự ảnh hiện chớp nhoáng của Nguyên tử và Nguyên tố 110 không sai nhau một hào ly. Bây giờ chúng ta hãy nghiên cứu những điều chư Phật và chư vị Bồ Tát nói cách đây mấy ngàn năm có đúng với những khám phá mời của khoa học không?Kỳ Na Giáo. "Dưới trạng thái nhỏ, có vô số hạt nhân kết thành và chiếm diện tích lớn trong không gian."Khoa học ngày nay. Dưới Nguyên tử có những hạt Vi phân Tiềm Nguyên tử (Subatomic particles) như Quark và dòng họ (Hadron, Meson và Baryon), Lepton (Electron, Neutrino, muo…), Gluon (Photon, Graviton, Gluon yếu…) có chừng 200 hạt như vậy.Kỳ Na Giáo. "Mỗi nguyên tử có mùi vị và màu sắc riêng, và có hai xúc giác. Nhưng tính chất này không thường con và có thể thay đổi. Hai hay nhiều hạt nhân kết lại có thể thay đổi cường độ thô hay nhám. Nguyên tử có thể tạo thành sự di động của chính nó, và sự di động này lắm lúc quá nhanh, trong tích tắc đi khắp cõi tam thiên đại thiên thế giới."Khoa học ngày nay. Theo Nguyên lượng Sắc động học (Quantum Chromo dynamics – QCD), hạt Quark có ba màu: Ðỏ, xanh lá cây và xanh dương. Ngoài Quark lại có hạt Ðối Quark (hai xúc giác). Tất cả những hạt Vi phân Tiềm Nguyên tử đều là Hạt ảo, nghĩa là không có Trọng khối, vị trí, luôn luôn ẩn hiện ma quái, thay đổi hình dạng trong từng Sát Na. Người ta chỉ thấy những hạt này trong những phương trình toán học mà thôi. Hạt Quark (Hadron) và Photon ( Quang tử) là những hạt thay đổi hình dạng rất kỳ quái. Ngoài ra tất cả những hạt đó thay đổi hình dạng rất kỳ quái. Ngoài ra tất cả những hạt đó chỉ xuất hiện trong vòng 1 phần triệu cho đến 40 phần tỉ của một giây đồng hồ. Có hạt như Tachyon còn nhỏ hơn Siêu Tơ Trời và bay nhanh hơn ánh sáng nữa (Ánh sáng bay 300,000 cây số/giây hay 186,000 dặm/giây).Theo Phật giáo, có đủ nhân duyên, Nguyên tử có thể tạo nên bất cứ hình thể nào đó, mắt chúng ta không thấy được. Ðức Phật thấy Nguyên tử là "vi thể năng động”.Trong kinh, Ðức Phật gọi Nguyên tử và những hạt Vi phân Tiềm Nguyên tử bằng những tên khác nhau như: Khích du trần, Mao đầu trần, Vi trần, Cực vi, Cực vi trần, Lân hư trần và Lân-không…Khích du trần là những hạt bụi ta thường thấy khi ánh sáng mặt trời chiếu qua khe cửa. Một hạt khích du trần chỉ bằng 1/200 tiết điện của một sợi tóc. Mao đầu trần là những hạt bụi nhỏ bằng đầu sợi lông. Tôi nghĩ rằng Mao đầu trần lớn hơn Khích du trần. Trước kia, trong kinh Phật gọi Vi trần là Nguyên tử. Cực vi, Cực vi trần, Lân hư trần và Lân không, theo tôi nghĩ là những hạt Vi phân Tiềm Nguyên tử hay những Hạt ảo là những hạt gần Hư không, nó cũng giống như Epsilon, một điểm hình học không kích thước và có giá trị gần bằng 0 do Newton phát minh.Nếu tôi sai, xin các bậc cao minh chỉ dạy.Nều Phật, Bồ Tát và các vị thánh nhân thấy được Nguyên tử và những hạt Vi Phân Tiềm Nguyên tử thì các Ngài đã thấy được thực tại cuối cùng của sự vật mà các khoa học gia ngày nay gọi là những viên gạch cuối cùng cấu tạo vật chất."Bản thể luận của nhà Phật cho rằng cái thực tại cuối cùng, cái cỗi nguồn của Pháp giới này là chính cái Diệu Tâm không hình, không ảnh, nó tương tự như Mặt trăng đó.” (Băng giảng kinh Lăng Nghiêm của cụ Nghiêm Xuân Hồng).