Fitzgerald sinh ngày 24 tháng 9 năm 1896 ở thành phố Saint Paul, tiểu bang Minnesota, Hoa Kỳ, trong một gia đình trung lưu người Irish. Tên của ông được đặt theo tên của một người trong giòng họ rất nổi tiếng, Francis Scott Key, là người đã sáng tác ra lời của bài quốc ca của Hoa Kỳ. Ngoài đời Fitgerald được gọi bằng tên đệm là Scott. Cha của ông - Edward Fitzgerald - làm nghề sản xuất đồ đạc trong nhà, sau đó thất bại và chuyển sang làm bán hàng cho hãng Procter & Gamble ở New York. Mẹ của ông - Mollie Fitzgerald - xuất thân từ một gia đình giàu có trong ngành cung cấp thực phẩm. Năm 1908, khi Fitgerald được 12 tuổi, cha ông bị cho thôi việc và gia đình ông dọn về lại St. Paul, họ sống một cách rất thoải mái nhờ vào tài sản mà mẹ ông được thừa kế.