Khi còn là một thiếu niên, Philippe đã say mê đọc những bài báo kể về chiến công oai hùng của Francis Garnier với chưa đầy hai trăm quân đã chiếm hầu hết đồng bằng xứ Bắc Kỳ. Ở Hải Dương, quân án Nam có 2.000 lính và 80 khẩu đại bác mà phải hàng một trung đội thủy quân Pháp 30 người. Ở Ninh Bình, An Nam có 1700 quân mà phải thua một chiến thuyền có 7 quân Pháp. Ở Hưng yên có 5 lính Pháp mà bức hàng được quan tuần phủ. Rồi Phủ Lý, Nam Định cũng tương tự như vậy. Đó là cuộc chiếm Bắc Kỳ lần thứ nhất, năm 1873.Đến cuộc chiếm Bắc Kỳ lần thứ hai của Henri Rivière, Philippe là người tham dự cũng thấy tương tự như vậy. Nhưng sau khi Henri bị chặt đầu, rồi năm 1885 vua Hàm Nghi bỏ kinh thành Huế tới Quảng Trị, ra chiếu Cần Vương chống Pháp thì Philippe chợt hiểu chinh phục cái nước An Nam tưởng như hèn yếu này thật không phải dễ. Ở khắp nơi nổ ra những cuộc nổi dậy của Lê Trực, Phan Đình Phùng, Đinh Công Tráng, Nguyễn Quang Bích rồi Đốc Ngữ, Đề Kiều và vô số những đội quân Cần Vương nhỏ bé khác. Ở các tỉnh thượng du biên giới quân Cờ Đen, Cờ Vàng cũng hoạt động ráo riết. Cuộc chinh phục của người Pháp lúc này là hàng vạn quân chứ không phải vài trăm như trước nữa. Philippe hỏi cha Puginier:- Tại sao chinh phục miền Nam An Nam tương đối thuận lợi dễ dàng, còn ngày nay chiếm xứ Bắc Kỳ và Trung Kỳ chúng ta lại vất vả thế. Cứ như chạm phải một tổ ong vò vẽ.- Xứ Nam Kỳ là vùng đất mới của An Nam. Họ chưa củng cố được chính trị văn hóa. Còn xứ Bắc Kỳ và Trung Kỳ là nơi cội nguồn của văn hóa Việt. Ở đây người Việt đã sống hàng ngàn năm, đã chống cự với quân phương bắc nhiều lần, họ có cả một tầng lớp trí thức ở các làng xã. Họ đã có tập tục lưu truyền ngàn đời. Cuộc vật lộn ở đây là cuộc đấu tranh không khoan nhượng giữa hai nền văn hóa Tây và Đông. Trước kia ta đánh chủ yếu với triều đình Nguyễn. Còn bây giờ ta phải đánh nhau với toàn dân Việt. Trong thâm tâm họ đã có kinh nghiệm bị sự thống trị của người Tầu, nay họ cảm thấy sắp bị chúng ta thống trị, cái kinh nghiệm xưa cũ ấy lại thức dậy trong họ.Philippe bây giờ mới hiểu ngày trước mình mơ cái vinh quang oai hùng của Francis Garnier với 200 quân chinh phục cái xứ sở bí hiểm này thật ngô nghê. Đó là cái vinh quang hào nhoáng của một kẻ mạnh ồn ào, như con công múa may trước một dân tộc còn đang mê ngủ. Cha Puginier thâm trầm bảo:- Chúng ta sau này cẩn suy nghĩ nhiều. Dân tộc này bị người Tầu cai trị ngàn năm, họ vẫn không chịu bị đồng hóa.Năm 1886, chính phủ Pháp cử Paul Bert sang Đông Dương làm thống đốc Bắc Kỳ và Trung Kỳ. Lý do vì chính phủ Pháp thấy rõ chinh phục bằng quân sự đơn thuần sẽ khó khăn, cần có chính trị đi kèm mới mong bình định yên ổn xứ sở này.Ông Paul Bert là một người có uy tín. Ông là nhà sinh vật, học trò nối nghiệp của nhà bác học Claude Bernard. Ông là người cộng hòa, bạn của ngài Gambetta, Félix Faure, ông là nhà chính trị mềm dẻo. Khi sang tới Hà Nội, năm 1886, ông tuyên bố:- Hai dân tộc chúng ta, Pháp và Nam, sinh ra không phải để chiến đấu với nhau, mà để cùng nhau làm việc... Người Pháp, hôm nay, đến nước Nam, là để cải thiện đời sống nông nghiệp, công nghiệp và kinh tế của các bạn. Người Pháp sẽ còn nâng cao trình độ trí tuệ của các bạn bằng giáo dục.Ngài thống sứ giương cao lá cờ hòa bình, thịnh vượng và tiến bộ của nền cộng hòa Pháp, mong xoa dịu sự phẫn nộ, sự chống đối của người dân yêu nước Việt Nam.Cuộc xâm chiếm xứ Bắc Kỳ của người Pháp đã kéo theo hàng nghìn người công giáo bị giết, vì họ bị gọi là những "tên Phú Lãng Sa nội gián". Lương giáo giết lẫn nhau để trả thù. Lúc đó, tình hình đi đến cực đoan. Có những giáo sĩ người Pháp nói rằng "Đằng nào cũng chết, thà rằng chết mà cây súng trong tay còn hơn". Vậy là các giáo sĩ tự làm đại úy và binh sĩ là những người công giáo. Người ta thấy cha Aguesse, cha Arsac, cha Klinger mộ quân tiến hành tàn phá những làng bên lương. Những cuộc hành quân "trừng phạt" của họ đã tàn sát, cướp bóc, đốt phá, triệt hạ nhiều làng bên lương.Về vấn đề này, độc giả có thể đọc những dòng chữ sau đây của ông Trương Vĩnh Ký, một người Cơ đốc giáo khi ông ra thăm xứ Bắc Kỳ:…Về chuyện này, tôi chỉ cần kể trường hợp tổng đốc Nam Định. Ông này đã phải nhìn thấy cảnh làng mình bị cướp phá, thiêu trụi và phần lớn người trong gia đình mình bị giết bởi bàn tay những người công giáo...Vậy là nhiều người công giáo lúc đó đứng về phía người Pháp, đi lính cho Pháp, chỉ điểm cho Pháp, giúp đỡ người Pháp, cùng với người Pháp tham gia cuộc chiến tranh bình định xứ Bắc Kỳ. Những nhà quân sự và chính trị Pháp biết rằng công của nhà thờ rất to. Do vậy lắm nơi, lắm lúc, cha cố trở thành những kiêu binh. Trong những làng công giáo, cha cố Pháp trở thành một nhân vật trung tâm nắm trong tay cả quyền hành tâm linh lẫn quyền hành trần thế. Ông ta như một thứ già làng, như một ông quan, lắm khi như một ngài chúa đất, rồi đôi khi còn làm cả ông thầy thuốc... Nhân dân trông đợi tất cả vào ông ta. Giải quyết mọi việc trong làng, cầm cả chìa khóa trong tay đề mở cửa vào xứ thiên đàng. Nhiều cha cố dần thích thú với vai trò của mình vì gốc gác họ phần đông là nông dân. Và đã là nông dân, thì cái kiểu sống toàn trí, cái kiểu sống gia trưởng Khổng giáo như thế ắt là được thích thú.Nhưng, đối với nhà chính trị cộng hòa như ông Paul Bert, thì cung cách lẫn lộn giữa thần quyền và thế quyền, tách rời khỏi nhà nước bảo hộ như vậy là không được Trong một chỉ thị, Paul Bert trả lời cung cách chúa làng ấy như sau:- Nếu những người Cơ đốc muốn có sự lập pháp riêng, nếu họ từ chối đóng thuế cho nhà cầm quyền, nếu họ muốn thành lập những nhà nước nhỏ trong một nhà nước lớn, thì tôi sẽ ngừng ngay việc bảo vệ họ. Tôi sẵn sàng làm mọi việc nhân danh sự công bằng, tôi sẽ chẳng làm một việc dù nhỏ nếu nhân danh đặc quyền.